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総論:マイクロアレイ解析(総論)監修にあたって (油谷浩幸)
要旨なし |
第1章 DNAチップ/マイクロアレイの基礎 |
1.発現解析 |
1) |
RNAの解析:総論 (油谷浩幸)
マイクロアレイを用いたRNA解析は基礎研究から臨床研究にまで広く応用されている。また,近年の様々な機能性RNAの発見により,その重要性は一層増している。遺伝子発現の総体を解析することにより,未知の疾患単位の発見が期待されるほか,薬剤感受性を識別する遺伝子セットの同定も可能となり,個別化医療実現のために必須の解析ツールと考えられる。……
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2) |
単一細胞マイクロアレイ法の開発と応用 (斎藤通紀・薮田幸宏・栗本一基)
多細胞生物を構成する様々な組織中には,医学・生理学的に重要かつ特有の機能を果たす多種類の希少な細胞群が存在する。単一細胞レベルでの遺伝子発現解析は,それら細胞群に特異的に発現しユニークな機能を発揮する遺伝子群の同定に貢献してきた。本稿では,単一細胞レベルでの遺伝子発現解析の発展を概説し,……
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3) |
ホルマリン固定パラフィンと包埋標本を用いたトランスクリプトーム解析 (星田有人・Todd
R. Golub)
ホルマリン固定標本を用いる遺伝子発現解析は,高度なRNA分解のため長らく不可能であった。しかし,近年の技術開発により数種の商用プラットフォームが利用できるようになりつつある。これまでに蓄積されたデータを有効利用し,同標本の利点を最大限に引き出すプラットフォームをデザインすることにより,……
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4) |
エクソンアレイ解析 (西村邦裕)
エクソンアレイは,エクソン部分にプローブセットが設計されており,エクソンごとの発現の違いが原理的には観測できるため,転座やスプライスバリアントの検出などに利用できると考えられている。本稿では,エクソンアレイの解析手法などについて解説を行う。……
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5) |
マイクロRNA (間野博行)
マイクロRNA(microRNA : miRNA)は20〜24塩基からなる低分子量RNAであり,標的メッセンジャーRNAの3’非翻訳領域に結合し,その翻訳を抑制すると考えられている。数多くのヒトの疾患発症にmiRNA異常が関与すると予想されており,特定のmiRNAは癌遺伝子あるいは癌抑制遺伝子として働くことも明らかになった。……
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6) |
Standard Controls and Protocols for Microarray Based Assays in Clinical
Applications (Janet A. Warrington)
《 要旨日本語訳 》
標準管理およびガイドラインは,研究開発を促進するための技術基準を示し,規制当局の意思決定の一助となり,研究室において品質管理および熟練度試験を実施するうえで有用なツールを提供する。臨床試験,医薬品開発,臨床診断におけるマイクロアレイ技術の適用およびマイクロアレイに基づくアッセイデータを用いた医薬品……
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2.配列解析 |
1) |
リシークエンシング (間野博行)
すでに決定されたヒトゲノム配列を各患者ゲノムにおいて再解析し,疾患細胞におけるゲノム異常の有無を検証する研究をメディカルリシークエンシング(medical
re-sequencing)といい,現在そのための技術開発が急速に進行している。なかでも高密度マイクロアレイを用いた塩基配列解析はすでに市販化されて応用されているものもある。……
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2) |
DNAマイクロアレイを応用したハイスループット遺伝子解析システム (高橋祐二・後藤 順・辻 省次)
DNAマイクロアレイによるリシークエンシングを応用したハイスループット遺伝子解析システムを構築し,神経変性疾患の原因遺伝子および疾患関連遺伝子を網羅的に解析している。本システムは,目的の配列とプローブとの特異的ハイブリダイゼーションにより,一度に数万〜数十万塩基の解析が可能である。……
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3.SNP解析
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1) |
SNPゲノムタイピング(総論) (久木田洋児・林 健志)
ヒトゲノム参照配列決定に伴い,ヒトゲノム多型の中でも最も多数存在する一塩基多型(SNP)がDNAマーカーとして整備された。dbSNPデータベースに登録されているその数は107を超える。また,HapMap計画の成果にも見られるように,人種ごとのSNPを基にしたハプロタイプ構造などの遺伝学的情報基盤の整備も行われつつある。……
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2) |
全ゲノム関連解析 (南谷泰仁・小川誠司)
全ゲノム関連解析は,比較的頻度の高い,複合的要因による疾患の発症に関与する遺伝子を探索するために考案された手法である。具体的には,患者-対照両群のゲノムを用いて遺伝子多型をタイピングし,連鎖不平衡を手がかりにして,疾患の発症の有無と遺伝子多型の間に有意な相関がみられるものを探索する。……
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3) |
精神疾患の関連解析 (有波忠雄)
精神疾患は比較的頻度が高く,遺伝子多型のリスクに関わっていると推測される。関連遺伝子の同定は主に候補遺伝子法により進められ,患者数を劇的に増やすことが難しいため,メタ解析により関連の確認が進められている。これまで8遺伝子の遺伝子多型において精神疾患との関連がメタ解析で確認されている。しかし,解析された遺伝子の数はごく少数にとどまっており,……
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4.コピー数解析 |
1) |
SNPアレイを用いたゲノムコピー数の解析 (小川誠司・南谷泰仁・山本 豪)
SNPアレイは,当初,ゲノムワイド関連解析に必要とされる大規模SNPタイピングを可能にする技術として開発されたが,同時に癌や先天性異常におけるゲノムコピー数解析のための強力な手段を提供する。また,SNP特異的なプローブが用いられていることから,アレル特異的なコピー数の情報を解析することが可能となっている。……
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2) |
コピー数多型と疾患解析 (石川俊平)
これまで遺伝子は染色体ごとに1つずつコードされ,細胞あたり2コピーもつと考えられてきた。しかし,ここ数年の研究でその数が2以外の数,1,3,4またはそれ以上といった現象が確認されている。このような遺伝子の数の違いはコピー数多型(CNV
: copy number variation)と呼ばれ注目されている。……
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3) |
BACアレイを用いた微細染色体異常の検出 (井本逸勢・林 深・稲澤譲治)
小児の先天異常疾患の臨床や出生前診断における染色体異常の検出において,従来の分染法による染色体分析やfluorescence
in situ hybridization(FISH)法を補完・代替する診断・解析技術としてゲノムアレイを用いたアレイcomparative
genomic hybridization法(アレイCGH法)の重要性が増している。……
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